اندیشه­ های اخوانی از مصر توسط مولوی نیازی به افغانستان وارد شد و جمعیت اسلامی افغانستان در سال 1964م تحت رهبری مولوی نیازی، مولوی عطا الله فیضانی - برهان الدین ربانی، مولوی یونس خالص، رسول سیاف، مولوی منهاج الدین کهیخ، مولوی توانا، رهبری و پا به عرصه وجود گذاشت. افکار اعضای جمیعت اسلامی افغانستان در جراید کهیخ، ندای حق و خیبر انعکاس می­یافت.  برنامه­ توسعه­ اقتصادی – اجتماعی و فرهنگی از جانب جمعیت اسلامی، طرح نگردیده است. تمام برنامه­ این سازمان، نظامی – سیاسی در جهاد، علیه کفار ویا تنظیم­های جهادی رقیب خلاصه می­شد. دراین زمان،  گلبدین حکمتیار که در دانشکده انجینری(مهندسی) کابل درس می­خواند سازمانی به­نام سازمان جوانان مسلمان افغانستان را ایجاد نمود که بعد از کشته شدن مولوی نیازی و در اثر پیگرد حکومت وقت، فعالین اسلامی مجبور به مهاجرت به پاکستان گردیدند . حکمتیار در آنجا جوانان مسلمان را به­نام حزب اسلامی نام­گذاری کرد.

درتاریخ 29 جوزا (خرداد) 1351ش، زمانی که دانشجویان مسلمان در اعتراض به توهین شعله­ای­ها به مقدّسات مذهبی در مقابل فاکولته حقوق (‌دانشکده حقوق) گردهم آمده بودند و به اتهام­ها و توهین­های کمونیست­ها پاسخ می­دادند، بین شعله­ای­ها و مسلمانان درگیری ایجاد شد. دو طرف با سنگ، چاقو و چوب­دستی به یکدیگر حمله می­کردند که تعدادی از طرفین زخمی شدند و سیدال سخندان یکی از کادرهای شعله جاوید، عضو اتحادیه محصّلان و دانشجوی دانشکده علوم (فاکولته ساینس) در اثر ضربه­ای که بر سرش وارد شده بود، به قتل رسید. در این درگیری «شاکر» یکی دیگر از شعله­ای­ها زخمی شد که دوستانش او را از بیمارستان فراری دادند. در رابطه با این حادثه 9 تن از اعضای گروه جوانان مسلمان از جمله حکمتیار، نصرتیار، حبیب الرّحمان و محمّد عمر زندانی شدند و عده ای از شعله­ای­ها نیز دستگیر گردیدند.

در مرحله قبل از به قدرت رسیدن احزاب کمونیستی آنچه بیش از هر چیز باعث شکاف بین دولت و مذهب می­شد، حمایت وسیع دولت از احزاب بی­دین و اخذ سیاستهای ضد شرعی بود. چنانچه هرگاه علما نسبت به حمایت دولت از احزاب کمونیستی اعتراض می­کردند با واکنش تند دولت مواجه شده و نفرت علما را نسبت به خود برمی­انگیختند. در سال سوم صدرات اعتمادی وی ملایان و روحانیونی که در مقام اعتراض به روش حکومت در مسائل دینی و مدارا با عناصر مارکسیستی خصوصا جریده پرچم در مسجد پل خشتی تحصن اختیار کرده بودند، با نیروی نظامی از مسجد اخراج کرده و از کشور تبعید نمود. در حالیکه در هیچ مرحله چنین اقدامی در برابر زیاده­روی­های گروه­های کمونیستی صورت نگرفت.

علاوه براین واقعه، قیام اول اسد(مرداد)1354ش نیز زمینه را برای تقابل واقعی کمونیست­ها با اسلام­گرایان فراهم نمود. بعد از این واقعه کمونیست­های داخل دستگاه، بر شدت اقدامات علیه شخصیت­ها و گروه­های اسلامی افزودند. تعداد بیشتری از علمای دینی توقیف شدند؛ بعضی چون مهندس سیف الرحمن در زندان به قتل رسیدند و فرماندهان وابسته به اسلام­گرایان از ارتش اخراج شدند.

بعد از کودتای7 ثور که کمونیست­ها قدرت را در افغانستان قبضه کردند و به سیاستهای ضد دینی و اصلاحات بلشویکی دست زدند؛ شکاف بین دستگاه حاکمه با مردم مذهبی افغانستان عمیق­تر شد. دولت جدید به­شدت سعی می­کرد بدون در نظر گرفتن تفاوت­های بنیادین جامعه مسلمان، روستایی و قبیله­ای افغانستان و جامعه صنعتی شوروی، در تمام امور از راه و روش دولت شوروی پیروی نماید واصلاحات در افغانستان را با الگوبرداری از آن کشور پی­ریزی نماید. بدین منظور با تقلید از انقلاب روسیه، فرمان­هایی، مانند فرمان شماره 7 مورخ 17 اکتبر درباره حقوق مساوی زنان و الغای طویانه(شیربها)، فرمان شماره 8 مورخ 28 نوامبر راجع به اصلاحات ارضی صادر نمود.

 فرمان شماره 7 و 8 پیامدهای شدید اجتماعی و فرهنگی به­دنبال داشت و با مخالفت جدی روحانیون و ملاکان روبرو شد. زیرا روحانیت اگرچه با بعضی از بندهای آن، مانند ممنوع شدن شیربها مشکلی نداشتند اما آموزش اجباری زنان و اختلاط آنان و تصرف در مزارات و مساجد و تبدیل آن به کلاس­های درس مختلط خشم ملایان و روحانیت را درپی داشت. اصلاح ارضی که با غصب زمین­ها از سوی دولت بدون پرداخت بهای آن همراه بود، از سوی روحانیت و اربابان، غیرشرعی و ظالمانه قلمداد شد، اما اعتراضات چنان با خشونت سرکوب شد که موجب شورش­های مسلحانه و حتی اعلام جهاد از سوی روحانیت بر ضد دولت کمونیستی شد. قیام 24 حوت (اسفند) هرات، قیام دره صوف و هزاره جات، قیام چنداول کابل و قیام بالاحصار کابل از نمونه قیام­هایی است که در برابر دولت کمونیستی با پشتیبانی روحانیت رخ داد و تمام این حوادث از بروز شکاف بین دولت و مذهب حکایت می­کند.

در حالی که عده زیادی از روحانیون و شخصیت­های مذهبی بعد از کودتای ثور به پاکستان رفتند، در اولین روزهای پس از کودتا دو گروه جمعیت اسلامی، تحت رهبری برهان الدین ربانی و حزب اسلامی افغانستان، تحت رهبری قاضی محمدامین وقاد و بعدا گلبدین حکمتیار، اتحادی را تحت رهبری مولوی محمدنبی محمدی، نماینده سابق پارلمان به­وجود آوردند. این شروع شکل گیری نظام یافته احزاب اسلام­گرا در برابر حکومت کمونیستی بود.

صرف نظر از کمک­های ملی و تسلیحاتی غرب، به مجاهدین به منظور تقویت آنان در برابر حکومت کمونیستی وابسته به شوروی، همان گونه که مشاهده شد، می­توان به صراحت گفت جنبش اسلام­گرایی در مقاطع قبل از این نیز در پی شکاف، بین مذهبیون و حاکمیت شکل گرفته بود و قدرت­یابی احزاب کمونیست تنها باعث شعله­ورتر شدن این حرکات شد که به جهادی همه جانبه بر علیه کفار (به زعم انقلابیون) کمونیست انجامید.

در میان شیعیان نیز تقریبا همین روند، صدق می­کند و شکاف بین مذهب و حکومت شامل حال آنان نیز می­شود. در سال 1329ش حزب سری  به­نام اتحاد، توسط علامه سید اسماعیل بلخی تاسیس گردید. ایشان یکی ازروحانیون وطن پرست وآگاه از مقتضیات عصر و متوجه فساد اداری و حیات رقت بار مردم افغانستان بود. آشنایی وی با خواجه محمد نعیم خان کابلی قوماندان (فرمانده) امنیه ولایت بلخ، سبب تشکیل حزب سری اتحاد در زمان صدارت محمد هاشم خان گردید. این­دو عقیده داشتند، تا زمانی­که بر تسلط تحمیلی خاندان حکمران، پایان داده نشود، هیچ اصلاحاتی در افغانستان عملی نخواهد شد. پس مصمم شدند یک حلقه­ سری در کشور به­وجود آورده و به­وسیله ترور و کودتا سلطنت را معدوم و زمینه تشکیل حکومت جمهوری را آماده سازند. زمانی­که سید و خواجه در کابل استقرار یافتند، به فعالیت­های خود افزوده و شخصیت­های دیگری چون، ابراهیم­خان شهرستانی (گاو سوار)، غلام حیدر خان و تنی چند از شخصیت­های معروف شیعی به آن دو پیوستند. اینان تصمیم گرفتند تا در روز اول حمل(فروردین)1329ش محمودخان را ترور و با یک حمله ناگهانی زندان دهمزنگ را فتح و زندانیان سیاسی را آزاد نمایند. قبل از آن که ایشان برای سرنگونی حکومت وقت اقدامی نمایند، برنامه­ریزی­های آنان افشا گردید. علامه بلخی و طرفدارانش دستگیر شدند وبرای مدت تقریبا ً15سال، در زندان باقی ماندند. مقر اصلی کمیته  مرکزی «حزب اتحاد» در چنداول بود و پس از قیام 1329ش، از مجموع کادرها و اعضای بلندپایه­ این حزب هفت نفر در امان ماندند. برخی مفقودالاثر و تنی چند با معیت علامه بلخی در نوروز 1329 ش، دو روز بعد از قیام، دستگیر و راهی زندان شدند. تا این که ایشان در زمان صدارت محمد یوسف خان  سال 1343 ش، و به اصطلاح دوران دموکراسی از حبس آزادگردیدند.

در ادامه و با به قدرت رسیدن کمونیست­ها در افغانستان حرکت­های شیعی در افغانستان از سالهای1350و1351ش به بعد شکل گرفت. در کابل سه مرکز عمده داشت و عمدتا روحانیون در گروه یا سازمان نصر و تعدادی از روشنفکران در آغاز به­نام مجاهدین خلق افغانستان بعدا به­نام جبهه مستضعفین افغانستان، جمعی از روشنفکران باز هم به پیش آهنگی جمعی از روحانیون، درجبهه­ای به­نام جبهه متحد اسلامی افغانستان گرد آمدند. از دیگر تشکیلات پاسداران جهاد اسلامی و حرکت اسلامی به رهبری آیت الله محسنی و شورای انقلابی اتفاق اسلامی، می­توان نام برد که بعد از کودتای کمونیستی شکل گرفتند.

شورای اتفاق اولین جنبش مقاومت در بین شیعیان بود. این شورا در قطعنامه تاریخی 15/6/1358ش که بر اساس آن تشکیل شد، کودتای هفت ثور را که رژیم کمونیستی در آن قدرت را قبضه کرد به­عنوان عامل اساسی برای قیام و تشکیل خود معرفی می­نماید.